Сбор и сортировка кофейных ягод различаются в зависимости от условий произрастания, сорта кофейных деревьев и национальных особенностей страны-производителя.

Сбор ягод осложняется тем, что на одной ветке могут находиться как спелые "вишни", так и зеленые плоды. Как правило, эта проблема решается выборочным сбором (picking) созревших ягод, либо многократной ручной или механической сортировкой собранного урожая. В Бразилии ягоды, собранные машинным способом сначала подбрасываются на специальных ситах, чтобы мусор и посторонние предметы были унесены ветром.

Следующим этапом является извлечение семян из ягод и отделение их от мякоти.

Сухая обработка.
Несмотря на название, обработка плодов кофе чаще всего начинается с мытья. Таким образом удаляется мусор, перезревшие и пораженные насекомыми плоды, которые попросту уплывают, т.к. находятся на поверхности воды. В Йемене и Эфиопии нет альтернативы сухому методу обработки из-за недостатка пресной воды. В этих государствах кофейные ягоды сушатся прямо на деревьях, в отличие от других стран-экспортеров, где вымытые спелые плоды раскладывают для сушки на стеллажах или на каменных полах под прямыми солнечными лучами. Сушка занимает около трех недель. Все это время кофейные ягоды перемешивают вручную и накрывают на ночь тканью, чтобы избежать плесени. Затем плоды очищают от шелухи и извлекают зерна из оболочек.

Влажная обработка.
Сразу после сбора урожая кофейные ягоды моют в емкостях, из которых они попадают в специальную систему каналов. В результате трения и воздействия ферментов плоды очищаются от кожуры и мякоти. Кроме этого их многократно сортируют с помощью специальных экранов и фильтров. После этого семена прополаскивают в проточной воде и сушат на каменном полу или на стеллажах под прямыми солнечными лучами, постоянно перемешивая. Уровень влаги в зернах снижается до 11-12 %, после чего они могут храниться длительное время. Перед продажей кофейные зерна очищаются от шелухи таким же образом, как и при сухом методе обработки.